Friday 10 August 2018

Project Genetic Analysis Toolpack (GAT V1.0)

The name GAT stands for Genetic Analysis Toolpack and we are aiming to make it a useful molecular data analysis tool, and more importantly it is an opensource software with a proper GUI and a thorough tutorial as well as sample data.
GAT V 1.0 has the following functionalities:
1- reverse complementation
2- Reverse transcription
3- Mono-nucleotide frequency as well as its statistical analysis using Chi-square, plus a graphical representation using Matplotlib library.
4- Di-nucleotide frequency table as well as a table of the expected frequencies of the Di-nucleotides , plus a graphical representation using Matplotlib library.
5- Codon frequency table generation for codon usage bias analysis.
6- Codon optimisation for E.coli K12 genome
GAT has been developed using Python3.6 in Linux Ubuntu and it is currently available as an exe extension for Windows.
You can download it from the link below:

Project development web-page link:




Friday 8 December 2017

گۆڕانکاری لە سترینگدا __تێکست__

بەکارهێنانەکانی پایثۆن بۆ گۆڕانکاری لە سترینگدا{تێکست}

بەشی یەکەم
کۆنکاتینەیشن {لکاندنی تێکست}
ئەم پرۆسەیە بەکاردێت بۆ لکاندنی داتای چەند سترینگێک، واتا لکاندنی چەند تێکستێک بەیەکەوە.
چۆنیەتی کارپێکردنی:
سەرەتا سترینگەکان(تێکست) وەک داتا لە ڤاریەبل (گۆڕاو) دا داخل بکە پاشان ئۆپێرەیتەری (+) بەکار بهێنە بۆ لکاندنیان.










لە یەکەم هەنگاودا دوو ڤاریەبل ناسێنراون، وە لە دووەمدا بە دوو شێواز پرنت کراون، هێمای + بەکارهاتووە بۆ لکاندنی داتای ناو ڤاریەبلەکان. ئەم پرۆسەیە گرنگی تایبەتی خۆی دەبێت لەکاتی دروستکردنی بەرنامەیەک کە کار لەسەر تێکست بکات.




کۆنکاتینەیشن ی لێکداری
لێرەدا دەتوانین یەکێک لە ڤاریەبلەکان چەندجارێک بەدوای یەکدا داتاکانی دوبارە بکەینەوە لە ڕێگەی بەکارهێنانی ئۆپێرەیتەری *
نموونە:

  
بەشی دووەم:

بەراورد کردنی دوو تێکست:
ئەمەیان لە ڕێگەی بەکارهێنانی == ئۆپێرەیتەرەوە.
نموونە:


ئەم بەراوردکارییە لە کۆدی مەرجداردا تایبەتمەندی زۆری هەیە و گرنگە بۆ ڕێکخستنی لووپ و رستە مەرجییەکانی بەرنامە، کە لە داهاتوودا بە وردتر باسی دەکەین. ئەنجامی ئەم پرۆسەیە بەم جۆرە بەشێوەی بوولیان دەبێت، بۆیە دەتوانین بە مەرج دانان ئەنجامەکە لەگەل دەستپێکی کۆدی داهاتوو ڕێکبخەین. 





Wednesday 6 December 2017

چۆنیەتی کار کردن لەسەر پایثۆن


سەرەتا گرنگە دوو جۆری جیاوازی پرۆگرام {سکریپت} بناسین.


یەکەمیان ، ئەو سکریپتانەی کە دێڕ بە دێڕ کارا دەکرێن و دەخرێنە 

کار، ناودەبرێ بە ئینتەرپرێتەیشن



دوەم، ئەو سکریپتەی کە دوای نووسینی چەند دێڕێک کارادەکرێن، 

ناودەبرێ بە کۆمپایلەیشن.
 



پایثۆن توانای هەردوو کارەکەی هەیە.

بە نموونە
،
کلیک لە (IDLE)
بکە پاشان بنووسە


>>> print(“I am here!”)


دواتر ئینتەر بکە، ئەنجامەکە وەک وێنەی یەکەم دەردەکەوێ


دوای ئەمە، دەست لەسەر کلیلی کۆنترۆل دابگرە و پەنجە بنێ بە 

پیتی
دا (N)

لێرەدە دەتوانیت چەند دیڕێ لە کۆد بنوسیت پاشان فایلەکەت 

لەسەر دیسکتۆپ سەیڤ بکە، بە جۆرێ ناوی فایلەکەت بەدوایدا 

دەستەواژەی
.py



هاتبێ. پاشان کلیک لە

 
Run
  
بکە

وەک لە وینەی دووەمدا دیارە.


 

ڕوونکردنەوە،  کاتێ لە فایلی نوێ دا کاردەکەین مینیو باڕی ڕەن ئامادەیە بۆ کارا کردنی بەرنامەکە
هەر وەک لە وێنەی هاوپێچ دیارە


هەروەها دەتوانین بە پرێس کردنی 
F5 
هەمان کار ئەنجام بدەین. 


Project Genetic Analysis Toolpack (GAT V1.0)

The name GAT stands for Genetic Analysis Toolpack and we are aiming to make it a useful molecular data analysis tool, and more importantly...